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东林党突然被抓了六个激进派，第二天一群东林党顿时哗然，就在这个时候，朱由校昭告天下的圣旨也出来了。
圣旨中澄清了李选侍虐待储君，甚至是害死皇帝生母王才人一事，并痛斥杨涟等人欺天子年幼，擅自干涉帝王家事，妄图操纵天子。同时下诏封李选侍为康太妃，正式执掌慈庆宫。毕竟是便宜老子最心爱的女人，驾崩前都明确交代大臣们要给她封皇妃的，就算是封了皇太妃，也无法威胁朱由校的地位。
群臣看到这道圣旨，又是一阵骚动。
朱由校尽管是东林党推上皇位的，但朱由校本身就是皇太子，所以身份是合法的。他此时自然可以跳出来清算东林党。历史上天启皇帝清算东林党的时候深居简出，显然不是因为不能公然清算东林党，很可能是被下了毒。
齐楚浙党则是神色兴奋，皇帝对东林党下手，对他们自然是最有利的。不过齐楚浙党相比东林党来说，要松散得多，这也是齐楚浙党为什么在朝堂上如果没有皇帝支持，就争不过东林党的原因。
杨涟等人被逮捕，向东林党开战的第一枪已经打响了。锦衣卫和东厂奔赴各省，迅速将杨涟等人的家人全部逮捕，并查抄了资产。
一番查抄下来，资产查抄了将近十万两白银，各种来历不明的资产，杨涟这些家伙，底子全都不干净，否则靠那点俸禄怎么过日子啊？
朱由校随即让人在皇家军工厂边上建了一个新监狱，然后将杨涟这些罪臣送入监狱，进行‘劳动改造’，也包括他们的家人，一律打上刺青，穿上囚服，每天在看管之下，到皇家军工厂做苦力活。
监狱暂时还比较简陋，不过已经在大兴土木了，用不了多久一个设施完备的新监狱就能建设出来。
朱由校亲自前往监狱巡视了一次，圣斗士杨涟一看到朱由校，马上指着鼻子大骂：“昏君，昏君啊！”
“哈哈！”朱由校畅快的大笑一声，对杨涟问道：“爱卿，你是不是很气啊？”
听到朱由校这句话，杨涟差点气得吐血。自从被逮捕之后，他们先是被关押在了东厂大牢内，然而东厂特务对他们根本就是审都不审，让他们连辩驳的机会都没有。很快一群家小也进来作伴了，让杨涟等人大吃一惊。
不仅自家的进来了，连他们的兄弟家小都被抓了进来。
这些亲属见到杨涟等人，不是哭得昏天地暗，就是大骂他们得罪了皇帝，以至于连累亲族。
最惨的当属左光斗，他的一个叔伯侄子被抓进来后，当场和左光斗撕逼，把左光斗摁在地上胖揍了一顿，被打得鼻青脸肿的左光斗，身体倒是无恙。朱由校见到左光斗鼻青脸肿的模样，随即吩咐道：“来人，去请个御医来给他看看，再给他安排个独立牢房，别被打死了。”
“陛下真是宅心仁厚啊！”李进忠拍了个马屁。
朱由校巡视了一圈，又把监狱看管制度修改了一番。这些罪臣的家小，上了年纪的就好好养着，不用参与劳动。其他的贬为官奴，安排去做苦力，从他们身上压榨人口红利，制度上一定程度参考了宋代的模式。
杨涟等人的家属遭到连坐，也引起了朝中巨大的议论。很快奏章就如同雨点一般送到了司礼监。
自从王安被朱由校查抄问罪之后，朱由校从内书堂提拔了两个文采不错的太监，一个当司礼监掌印，一个当司礼监秉笔。李进忠则专心负责东厂事务。
此时的司礼监，基本上已经没有什么权力了，仅限于帮皇帝处理奏折、草拟圣旨之类的。对宫内已经失去了管理权，同时也不再管理皇庄、皇店。虽然看上去处理奏折、草拟圣旨权力很大，实际上并没有什么权力。
毕竟两个没有其他权力的太监，又没人事管理权，也没有军权。他们的权力是完全依附于皇权的，朱由校随时能够把他们解雇，基本上就是相当于两个秘书。
“皇上，这上百道奏章，都是反对连坐的。”司礼监掌印太监叫李朝庆，是个四十多岁的太监，性格十分稳重。担任司礼监掌印之后，每天都会在司礼监将奏章分类，然后送到皇帝面前。
“全部扔了吧！”朱由校挥了挥手，对于这样的奏章朱由校根本懒得看，连坐制遭到群臣反对这自然是极为正常的。现在的大明，有几个官员底子干净的？
杨涟等人被逮捕下狱，东林党一群人开始谋划如何营救的问题。见个人上奏不见效，于是东林党开始上蹿下跳，又给皇帝上了一道联名奏章。
面对依旧跳个不停的东林党，朱由校真心有些恼火了。
当个皇帝容易么？
处置几个大臣，就好像捅了马蜂窝一样。
“李进忠，田尔耕，你们两个马上给朕狠狠查查这些东林党，只要贪污受贿的一律逮捕下狱。”朱由校把李进忠和田尔耕叫进了宫内，对他们两个吩咐了一番。
“是，皇上。”两人应诺，朱由校看了看他们两个，这两个最近关系貌似不错，锦衣卫和东厂近来貌似处于蜜月期啊！
那还分开干嘛？干脆合并算了。
“谁查到的多，朕有赏。”朱由校瞥了一眼他们两个，随即好似不经意的说了一句。田尔耕双眼一亮，刚刚晋升锦衣卫指挥使的田尔耕，还不太敢和李进忠竞争，毕竟李进忠是皇帝最亲近的心腹。然而这次皇帝的话，显然是要挑起竞争了。
“谢皇上。”两人叩谢，李进忠自然也是知道怎么回事，皇帝登基以来，已经表现出了极为高明的平衡之术。
宫内司礼监权力被削弱，他李进忠提督东厂，张炎提督御马监，宫内没有一个太监能够管理全局。
不过李进忠并不是很担心，只要用心办事是了。
两人出宫后，锦衣卫和东厂，随即大打反腐牌。这张牌简直就如同王炸一般，对东林党产生巨大的杀伤力。
锦衣卫和东厂只是随便一查，就抓到了不少东林党贪腐的小辫子。每天都有东林党官员被锦衣卫和东厂带走审讯，查出铁证就是连坐下狱。
东林党一阵鸡飞狗跳，纷纷叫苦鸣冤，好似意思在说，皇帝你不按套路出牌，已经‘防御过当’了。这年头有几个底子是干净的？朝廷那么点俸禄够他们过活么？
但是皇帝这番架势，倒是第一次把不少东林党官员吓到了，一时间除了东林党那一群比较廉洁的官员外，其他的人人自危，生怕半夜被锦衣卫和东厂的番子破门而入。同时希望能找到一些功绩，来挽回皇帝对他们的信任。
可惜的是，功绩没找到，又让朱由校发现了一个大案。这个大案之所以被朱由校发现，主要还是大明皇家银行的季度报表引起的。
大明皇家银行的季度盈利很糟糕，大量的揽储资金都用来投资农业垦荒了，一时半会产生不了盈利。
为了扭转大明皇家银行的盈利糟糕问题，朱由校一拍脑子想到了铸币。大明的纸币尽管贬值到退出了市场，但不是还有铜钱铸造吗？
搞了半天，朱由校还不知道官方铸币每年能赚多少银子。于是朱由校让司礼监掌印李朝庆去内阁询问叶向高铸币收入。
叶向高竟也不知，还专门跑去询问了一番，这才上奏说在铸的‘泰昌通宝’大半年下来，仅入一万五千两。
朱由校一听这个数字，当场就炸毛了，铸币利润岂会如此之低？当他是三岁小孩么？