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时间很快过去了三天，三天的时间足以让那些在燃烧军团号接受治疗的机师全部恢复，而原本聚集在NERV总部的胜利舰队，也在萧然于燃烧军团号食堂公布了机体升级的事情之后分散了开来。
永恒号最先离开，带着龙族的女巫公主莎拉返回了西历世界，在西历世界那边接上曙光社，以及PLANT，最后还有天人那边的技术人员之后，就会直接前往月球的阿纳海姆和其他人进行汇合，同时也会把一直留在西历世界的艾尔埃尔夫接过来。
一起离开的还有星野琉璃的抚子号，带着亚捷那尔第一中队的人离开，并且带上了三十台左右的来自于安布利欧的PM一起前往了亚捷那尔，准备将这批机体交付给亚捷那尔使用，同时星野琉璃这边也会负责带回属于尼路加重工的技术人员和设备过来。
然后是拉·凯拉姆号，拟·阿卡马号，丹奴之子号，托勒密号四艘舰船带着除了燃烧军团号成员，大和号成员之外，全部直接前往了月球的阿纳海姆，也将会是第一批进行机体改造，更换的成员，而要改造的也不只是机体，包括战舰也同样在改造的计划当中。
如此多的机体和战舰要进行改动，时间紧任务重，真的是将两个世界的力量凝聚在一起，一起努力的在为胜利舰队创造更好的条件。
EVA小队的成员全员留在了NERV总部，初号机需要进行检查，二号机需要进行彻底的修复和装甲重置，零号机嘛则需要完全的重建，所以碇真嗣虽然只是昏迷了一整天的时间，但也必须和被救回来的明日香，凌波丽两人留在NERV配合三台机体的相关事物。
而从NERV这边离开之前，萧然也得到了有关于其他EVA的情报，是由碇源渡亲自送到萧然手中的情报，之前碇源渡的确是准备量产EVA，而且还真制造了好些出来，除了初号机，零号机，二号机，以及被毁灭的三号机之外，碇源渡一开始拟定了二十二台EVA的制造计划，但因为三号机所出现的情况，除了已经制造完成的十三号机前面的，后面的则被全部的终止。
对于十三号以后已经制造出来的零件则全部用于对初号机，二号机，零号机，后续还会增配到胜利舰队的十三号机，八号机后备维修部件，全部送到了胜利舰队当中，当然也留下了部分对零号机，二号机进行重建和修复工作。
八号机的机师叫做真希波，也是在和魔神ZERO开战之前时，顶替去测试三号机的明日香所驾驶二号机的机师，一个带着眼镜的眼镜娘，如果抛开主角光环因素的影响，那么这位真希波反倒是最了解使徒，最了解EVA，也是技术最强大的一名EVA机师了，至少在萧然的眼中是这么觉得的。
而十三号机则是一台双人驾驶的EVA，一个人倒也不是不能驾驶，只是只有两个人才能真正发挥出十三号机的力量来，而其中一名机师则是鼎鼎有名的渚薰，那个不少人称之为最后使徒的家伙，更关键的是十三号机竟然是由使徒直接安装装甲改造完成的。
萧然当时在看见碇源渡将这些资料送上来，特别是关于十三号机的资料以及渚薰的资料之后，没人看见萧然的脸一下子黑了起来，那一分钟萧然真的有种碇源渡你自己想死不要拉着我们大家一起去死的想法。
可萧然最终在思考了一下之后，在离开NERV之前亲自让渚薰进入到了燃烧军团号，面对面的交谈了一下，旁敲侧击的询问了一下渚薰的想法，虽然没有说得太过明白，但渚薰也明白萧然似乎知道了什么，只是带着那和煦的笑容告诉萧然，他只想要和碇真嗣在一起，为了碇真嗣的梦想愿意一起帮助这个世界。
总之渚薰后来还是带着那标准的笑容离开，而萧然则是看着渚薰的消失的背影表情有些怪异，简直就像是看见了一个找到了喜欢的人所以愿意抛弃一切的妖孽，虽然渚薰确实也让萧然感到了放心，但为了保险，萧然在第三天离开之前也还是将格拉汉姆，娜洛，咲三人留了下来。
然后带着大和号，带着兜甲儿的小队，铁也，莎也佳等等，一起前往了热海，也就是科学要塞研究所，而且是另一个科学要塞研究所，兜甲儿父亲所建造起来的真·科学要塞研究所。
值得一提的是，雷纳德也同样带着属于汞合金的高级技术人员们，一起前往了月球阿纳海姆，在那边配合胜利舰队其他人机体的强化工作，以雷纳德目前的技术能力而言，也完全有能力担任这个重责，而且还能和罗进行随时的联系所以是谁在那边也并没有太多的关系。
至于罗嘛当然是和萧然在一起，他的任务比起雷纳德更重，魔神Z，魔神皇帝，真盖塔这三洋东西就够得他忙的了，还好有些关于这三台机体的东西可以稍微慢一点来，在前往伊斯坎达尔的路上和燃烧军团号的技术人员们慢慢研究，但是借着来到真·科学要塞研究所的时间，帮巴萨克将大魔神改造成适合他使用的机体的这段时间，也可以和真·科学要塞研究所的一系列人员深入的交流和学习。
真·科学要塞研究所，是属于兜甲儿父亲兜剑造所制造出来的巨大建筑，而不是光子力研究所下面那个由弓博士所制造出来的仿冒品，在这边有着更完善的设施，甚至连盖塔射线的相关设施也同样存在，也是大魔神被制造出来的地方，在真·科学要塞研究所出现之后，就连弓博士等原光子力研究所的全部成员也都转入到了这边，所以说在技术实力方面可谓是相当的强大。
配合罗，教导罗制造出一台符合巴萨克的武斗魔神根本就不存在任何问题，巴萨克对武斗魔神的要求其实并不多，能打，能抗，能爆发，速度快，防御高，能使用东方不败的武学传承，有一把大砍刀，比原来的机体强就够了……
但是比起巴萨克这个机师来说，反倒是萧然对即将要出现的武斗魔神抱有更多的性质，甚至还亲自加入到了其中在罗的帮忙之下设计出了几款魔神的外形出来。
就在这大家分开的时间里，一起为了胜利舰队的强大而继续努力的时间里，艾尔埃尔夫也出现在了萧然的眼前，带上了一个人，也带上了一个机器人。