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一切的开始都是在一处深海中，在这里挖矿公司已经发现的他们需要的东西，那个显示挖掘什么铀矿石之类的情况，结果发现没有放射性，检测之后发现这些矿石都衰变了。于是挖矿公司继续深挖。
在发现了大骨架之后，发现了一个孢子和一个已经孵化并逃脱的穆托的痕迹，这时候帝王计划小组出击，控制全场，将挖矿公司的人全部控制。之后帝王计划中年轻的博士，拿着一张模糊的哥斯拉的照片和大骨架进行对比，并向上级交流。
福特的老爸，乔已经进入电站的时候，发现了刚从电站调查资料出来的年轻博士，两人不幸撞了一下，看到了博士衣服里面奇怪的资料和公文包里，哥斯拉模糊的照片，充满了惊讶，他想到了自己以前遇到的东西了，也是异常的吃惊了起来了。
乔看到了地波形这一部分，也是吃惊了起来，感觉到周围的晃动，然后电站地震，福特的母亲已经被困。
福特在远处的外面里，看着远处倒下的电站，隐隐约约在烟雾里看到穆托的触角，并看到了远处涌起的奇怪海潮。然后福特父亲和福特逃出电站附近，乔用铅笔随手画出了帝王计划的生物和哥斯拉的大致样子，福瑞表示这和上课画的大恐龙很像。
一晃几个月就过去了，哥斯拉也是躲避了起来，吸收着最新的力量了，但是振动的波形越来越强，乔因为要取回自己的磁盘被抓，福特从美国去营救。在家里，乔告诉儿子自己对这些波形的研究，通过回声定位法，发现了一个东西越来越近哥斯拉，然后表示自己研究生物声学，发现了一些和他们试着沟通的方法，并用自己制作的工具进行了一个演示，结果马上就有两次地震进行回馈，一次是穆托，一次是哥斯拉，这些都是他们掌控的办法了。
于是乔要回去取回15年前的数据，再次进入隔离区被抓，发现却没有辐射很是奇怪，之后遇到了早已经等待好的天网，这些也是他们思考的情况了。
“乔博士，你好啊！你应该是发现了什么吧！”天网看着乔，微笑的说道了。
“没错，我发现了很多的东西了，所以也是我们思考的问题了。”乔看着天网，知道一切也是点了点头，不想在说什么了，所以才能去解决这些问题了。
福特得到了乔的消息后，就来到了乔的家里，结果则发现父亲画的会喷火的大恐龙儿童画，看了一会，似乎想起了什么。福特被抓之后送到了原核电的基地，有看到了帝王计划的穆托，乔似乎明白了什么，陷入沉思。
天网也是躲避在了周围，他也是不想让计划没有彻底开始的时候，出现了这里，所以有些他们都明白的情况了。
乔在车上告诉福特，自己似乎发现有两个东西在和自己交谈，而他们之间也有交流。之后被分开调查，乔讲出了自己对于穆托预测，比如他重新要出来，比如他吸收辐射，并认出了15年后的博士，却因为穆托成熟要离开的事故而死。
“乔和福特，你们两个应该快一点离开这里吧！”天网看着他们两个，淡淡的说了起来了。
“天网先生，你也是唐纳斯先生，让过来帮助我们的吧！哥斯拉不是坏的，但是那个穆托有非常强大的攻击力，我们没有丝毫的办法去抵抗的。”乔看着天网，严肃才说道，也是他们都明白的事情了，所以才能去解决那么多才情况了。
秦天通过乔和福特，已经了解了帝王计划的内容之后，通过对自己乔和帝王计划的资料之后，推断这两个怪物应该会有争斗。显然之前帝王计划只能捕捉到哥斯拉的一些细节，包括那张照片，效果和作用都不是非常大的，这个也是他们的考虑了，所以才是他们思考的问题了。
此时海潮涌起，福特似乎想起了之前小时候看到的海潮，在出现了大体身影之后，觉得十分想之前父亲手画的哥斯拉背影和自己以前画的儿童画。
“我们马上就要找到哥斯拉了，那个神秘的人类，在福特先生那里了。”周围调查的人看着天网在这里，也是相当的吃惊了起来，不知道想要做什么。
“看着那个叫天网的家伙，我们也是不要攻击的，尽量的招揽他，不然也是我们会失败的原因了，能够抵抗哥斯拉的存在，绝对是不是那么简单的情况了。”对方报告了起来，也是决定了接下来的事情了，所以才能去解决那么多的情况了，所以一切也是他们思考的问题了。
“对了，周围发现哥斯拉，我们要不要攻击呢？”士兵看着周围出现的哥斯拉，若有所思的说道，显然也是明白很多的问题了。
“攻击，马上攻击，这个也是我们的计划了。”对方听到了哥斯拉的情况，也是一点都不客气的，他们当然是不知道天网和哥斯拉已经可以交流了，只是单纯的以为哥斯拉要找麻烦了。
帝王计划小组要攻击哥斯拉，福特力劝了，认为哥斯拉是正义的，但是显然他们可是不是天网，所以根本那样阻挡的那里了，所以面对这样的效果，他们也是异常的吃惊了起来了，所以才能去解决那么多的问题了。
这是穆托出现了一发电磁脉冲攻击，所有设备失效，穆托冲天而起，却被哥斯拉抓住尾巴，穆托反身攻击挣脱，冲天长嘶。
这时候内华达剧烈的振动，沙漠烟气冲天而起。穆托越飞越高，哥斯拉后背发起蓝光，最后因为太远没有能放出大招。哥斯拉重新入水追击，美军与帝王计划小组交换情报，于是那些士兵们，开始不停追踪穆托并骚扰，帮助哥斯拉追上。
同时，因为之前不清楚特性，将母兽关在内华达的基地里，在听到长嘶之后，母兽开始疯狂进食核废料，进食完之后，母兽越来越大，细胞也开始发光。